1. 扫描系统
扫描系统是微阵列芯片扫描仪的核心部件，通常包括激光光源、光学系统和探测器。激光光源用于激发芯片上的荧光标记物，光学系统负责聚焦和传输光信号，探测器则用于捕捉荧光信号并将其转换为电信号。
2. 载样装置
载样装置用于固定和放置微阵列芯片。它通常包括一个载样盒或芯片卡盒，能够容纳标准尺寸的芯片（如1英寸×3英寸的玻片）。载样装置的设计需要确保芯片在扫描过程中保持稳定，并且能够适应不同尺寸的芯片。
3. 自动装载器
为了提高检测效率，许多扫描仪配备了自动装载器，能够批量装载和卸载芯片。例如，LuxScan™ Dx24扫描仪配备了24片芯片的自动装载器，支持批量扫描和无人值守操作。
4. 条码阅读器
条码阅读器用于自动识别芯片上的条码信息，从而简化样品管理流程，减少人为错误。条码阅读器可以读取多种编码格式，如Code 128、Code 39等。
5. 数据处理与分析软件
扫描仪通常配备专业的数据分析软件，用于图像处理、数据统计和分析。软件功能包括扫描参数设置、图像采集、荧光信号强度分析、数据导出等。部分软件还支持与医院信息系统（HIS/LIMS）的整合。
6. 光学与电子系统
激光器：用于提供特定波长的激发光，常见的波长包括532 nm和635 nm。
PMT（光电倍增管）：用于检测荧光信号的强度，其增益可在一定范围内调节。
焦距调节系统：允许用户根据芯片的厚度和表面平整度调整焦距，确保扫描的准确性。
7. 其他组件
洗涤工作站：用于芯片的清洗和预处理。
不间断电源装置：确保扫描仪在电力不稳定的情况下仍能正常运行。
8. 技术规格
扫描分辨率：通常为5、10、20、40 µm等。
动态范围：可达到10⁴**10⁶，能够检测到极低和极高浓度的荧光信号。
检测灵敏度：**低响应值可达每平方微米0.01个发色团。